Маленький приморский городок и домик на вершине утеса. Небольшая группа действующих лиц. Океан – как живой участник происходящего. Мир, в котором магия и алхимия воспринимаются как часть повседневной жизни. Подводный мир, подобно миру подсознанья, взаимодействует и пересекается с покрытым волнами миром на поверхности. Нарушая границы привычного пространства и контролируя обычные формы, море анимировано не как пейзаж на заднем плане, но как одно из главных действующих лиц.

Отец Сосукэ – моряк, мать – социальный работник, а сам он – маленький мальчик из дома на утесе. Однажды утром он находит в море удивительную рыбешку: у нее человеческое лицо и красные плавнички, она любит ветчину и умеет колдовать. Сосукэ называет свою находку «Поньо» и решает беречь и защищать. Откуда ему знать, что он выловил дочь морской владычицы и тем обрек себя на удивительные приключения в самом ближайшем будущем?..